استاد خالقی از شاگردان اصلی علینقی وزیری بود و تلاش او برای احیای موسیقی ایرانی در دورانی که توجه رسمی به این موسیقی کاهش یافته بود، تأثیرگذار و مهم شمرده می‌شود.

او کتابی به نام سرگذشت موسیقی ایران درباره سرگذشت موسیقی، موسیقی‌دانان و نوازندگان ایرانی هم‌عصر خود و کتابی به نام نظری به موسیقی شامل نظریه‌ای برای موسیقی ایرانی و غربی نوشته است.علاقه و توجه به موسیقی در خانواده خالقی امری معمول بود؛ پدر و مادر هر دو تار می‌نواختند و پدر مدتی شاگرد استادان مطرح این ساز بوده است. همچنین خانواده او با میرزا غلامرضا شیرازی، نوازنده تار، رفت و آمد و آشنایی داشته است و فرزندان، وی را «عمو» می‌خوانده‌اند.

با انتقال پدرش به شیراز در سال ۱۲۹۵، در شهریور ۱۲۹۷ به همراه خانواده به این شهر رفت. در آنجا از آموزش‌های میرزا نصیر فرصت در زمینه عروض و نقاشی استفاده نمود. همچنین آموختن موسیقی را نزد شوهر عمه‌اش میرزا رحیم شروع کرد و از او بیش از یک سال ویولن می‌آموخت در سال ۱۳۰۲ به مدرسه عالی موسیقی رفت و در آنجا تحت نظر علینقی وزیری و ابوالحسن صبا آموختن موسیقی و نواختن ویولن را آغاز کرد.در سال ۱۳۰۳ با وجود مخالفت پدرش، تصمیم گرفت صرفاً به مدرسه موسیقی برود.

در سال ۱۳۱۰ از دارالفنون دیپلم گرفت و وارد دارالمعلمین شد. در خرداد سال ۱۳۱۳، دارالمعلمین به «دانشسرای عالی» تغییر نام یافت. خالقی مدرک لیسانس خود را از این دانشسرا در رشته فلسفه و ادبیات دریافت نمود.وی درسال ۱۳۱۴ وارد خدمت دولتی در وزارت فرهنگ گردید و درسال ۱۳۱۷ معاون دفتر وزارتی وزارت فرهنگ شد. در سال ۱۳۲۰ به پیشنهاد وزیری، معاون اداره موسیقی کشور و نیز معاون هنرستان عالی موسیقی شد.

مدتی در وزارت کار و تبلیغات کار کرد. درسال ۱۳۲۷ متصدی دبیرخانه هنرهای زیبا شد. درسال ۱۳۲۸ هنرستان موسیقی ملی را تأسیس کرد و رئیس آن شد.در سال ۱۳۳۴ در چارچوب برنامه‌های انجمن ایران و شوروی به این کشور سفر کرد. همچنین سفرهایی را به کشورهای رومانی، فرانسه و هندوستان انجام داد.خالقی سال ها در رادیو ایران نیز فعالیت داشت و از جمله رئیس شورای موسیقی رادیو بود و برنامه‌های رادیویی «یادی از هنرمندان درگذشته» و «ساز و سخن» را راه‌اندازی کرد. خالقی در سال ۱۳۴۴ در سالزبورگ در اتریش درگذشت  و در گورستان ظهیرالدوله در تهران دفن شده است.